O LSA-UFPE ocupa três áreas físicas distintas em edifícios do Centro de Tecnologia e Geociências (CTG), dentro do campus da UFPE na Cidade Universitária de Recife PE. Em cada área está instalado um dos três laboratórios que integram o LSA-UFPE (LSA, LAIRE e LABIOTA).
O Laboratório de Saneamento Ambiental (LSA, desde 1986) é o laboratório âncora para o Laboratório de Resíduos e Efluentes (LAIRE, desde 2013) e o Laboratório de Biologia Molecular e Tecnologia Ambiental (LABIOTA, desde 2019). Suas atividades são atualmente focadas em análises e ensaios físico-químicos e biológicos.
O LAIRE tem como foco a instalação e operação de reatores em escala de laboratório e escala piloto, ou outros experimentos que requerem dispositivos especiais, como sala com temperatura controlada, sala de fotoperíodo, dispositivos para bombeamento, gases e abrigo de unidades de porte. Uma parte das atividades do LAIRE se encontra a céu aberto, como na estação experimental de tratamento e reúso de esgoto doméstico instalado na estação de tratamento de esgotos (ETE) Mangueira em Recife PE, sob responsabilidade da Parceria Público Privada (PPP) entre a Companhia Pernambucana de Saneamento (COMPESA) e a BRK Ambiental. Em parceria com DEN, o LAIRE tem alguns experimentos de reúso de esgotos e lodo tratados em sua casa de vegetação, para cultivo de plantas.
O LABIOTA é o mais recente dos três laboratórios integrados e suas atividades são mais específicas e voltadas para o setor de impactos causados pelos resíduos e produtos da cadeia produtiva do petróleo, por resíduos recalcitrantes ou tóxicos, que requerem técnicas e equipamentos mais complexos. As atividades incluem o uso de técnicas de biologia molecular. O foco são as análises e ensaios que requerem o uso de cromatógrafos a gás (GC) e líquido (LC e HPLC) acoplado a espectrômetro de massas (MS) como o GC-MS e LC-MS, análises de carbono e íons, com equipamentos específicos como o carbono orgânico total (TOC) e o cromatógrafo de íons (IC), bem como análises microscópicas.
Os três laboratórios são administrados por docentes pertencentes ao mesmo grupo de pesquisa, o de Saneamento Ambiental (GSA) do DECIVIL, sendo que a coordenação é única. Para efeito de gestão laboratorial, o LSA, o LAIRE e o LABIOTA formam um único laboratório integrado de Saneamento Ambiental. Em função de sua antiguidade (34 anos em 2020) e por ter o seu nome consagrado internamente e externamente, o nome LSA-UFPE tem sido comumente usado para representar todos os três laboratórios de forma integrada.